Данная игра является третьей частью серии игр ".hack". События здесь начинаются после окончания части .hack//Mutation. Сюжет третьей части тесно связан с предыдущими эпизодами. Главным героем этой части является молодой парень по имени Кайт. События начинают развиваться после того, как парень и его друг запускают свою копию игры "The World". В игре они встречают девочку, одетую в белое, которую преследует монстр, после чего оказываются на неизвестном им уровне игры. В дальнейшем на них нападает тот же самый монстр и делает что-то с его другом. Жизнь Кайту спасает хакер Хельба, а вот про его друга долгое время ничего неизвестно. Впоследствии парень смог выяснить, что его друг находится в коме. Вот с этого момента и начинаютсая захватывающие приключения парнишки Кайта, который всеми силами будет искать хоть что-нибудь, что поможет спасти его друга.